SOMMAIRE
analyse microbiote intestinal
Le rôle majeur du microbiote intestinal dans la santé générale d’un organisme est aujourd’hui consensuel. En revanche, les possibles applications thérapeutiques s’égarent dans une complexité, qui ne révèle pas de relations de cause effet ouvrant à des solutions spécifiques pour une pathologique donnée.
L’analyser du microbiote intestinal est une piste proposée, avec des examens coûteux (environ 200 €), dont la fiabilité et l’utilité sont discutables.
I - DIFFÉRENTS TYPES DE TESTS POUR L’ANALYSE DU MICROBIOTE INTESTINAL
1. Évaluation de la prolifération anormale de certaines espèces microbiennes
Trois méthodes : cultures classiques, tests respiratoires ou analyse des métabolites organiques urinaires. Chacune a des applications différentes. Elles conduisent à des traitements correcteurs de proliférations considérées comme pathologiques. Il s’agit d’une démarche empirique, avec bénéfices immédiats, particulièrement quand la pathologie est directement liée à un pathogène physiologiquement absent ou en quantité modérée.
2. Analyse métagénomique du microbiote
Cette méthode qui séquence les ADN identifie par le génome toutes les espèces présentes dans l’échantillon, avec une évaluation quantitative. Elle fournit ainsi une cartographie générale de la diversité microbienne qui peuple nos intestins, en groupant les micro-organismes en familles, avec une représentation visuelle qui montre la superposition ou le décalage avec une moyenne de témoins considérés en bonne santé. Certaines bactéries dont le rôle bénéfique ou néfaste est supposé sont parfois évaluées individuellement. C’est aujourd’hui la seule méthode qui fournit cette vue d’ensemble. Elle est utilisée dans les diverses recherches de liens entre le microbiote et diverses considérations de santé : états pathologiques, surpoids, longévité…
II - LES ANALYSES MÉTAGÉNOMIQUES DU MICROBIOTE INTESTINAL SONT-ELLES FIABLES
1. Le problème général de la représentativité de l’échantillon.
La réponse à la question de fiabilité des analyses biologiques est double : fiabilité technique de l’analyse, et représentativité de l’échantillon [1].
Aujourd’hui, la technologie permet généralement une très bonne fiabilité analytique. La limite de fiabilité des tests est la représentativité de l’échantillon.
Est-ce que ce qui est dosé dans l’échantillon est en corrélation reproductible avec ce qui est présent dans l’organisme ?
Cette corrélation est souvent postulée comme vraie pour soutenir l’intérêt de l’analyse, mais elle n’est généralement pas vérifiée, et parfois tout simplement invérifiable.
La connaissance qui résulte de ce postulat est évaluée par la pratique, en analysant un très grand nombre de situations avec le croisement de toutes les données disponibles. La validité de cette évaluation dépend de l’objectivité des chercheurs, avec notamment une absence de conflit d’intérêts, notamment si l’analyse est la propriété d’une société privée qui a financé la recherche.
2. Cas particulier de l’analyse du microbiote intestinal
On postule dans ce cas que la flore microbienne présente dans les selles reflète celle qui est effectivement active au niveau du côlon et de l’intestin, et plus particulièrement dans le biofilm intestinal. Or, les espèces microbiennes présentes dans les selles sont celles que le système intestinal élimine à partir du pool des bactéries libres su système digestif. Considérer que cette élimination est passive et proportionnelle au microbiote intégré dans le tube digestif n’est qu’une hypothèse. Le lien entre microbiote fécal (d’élimination) le biofilm intestinal qui se régule selon une organisation propre est encore plus incertain.
LE BIOFILM INTESTINAL
C’est des communautés de micro-organismes (bactéries, champignons, archées, etc.) qui s’auto-organise le long de la paroi intestinale à laquelle il adhère. Il est protégé par une matrice composée de polysaccharides, de protéines et d’ADN extracellulaire, produite par l’ensemble des micro-organismes associés. Ce biofilm varie selon les zones intestinales et il est localement relativement stable. Il se maintient en échangeant avec le pool des micro-organismes libres du tube digestif. Du fait de son positionnement adhérant à la muqueuse intestinale, c’est probablement à son niveau que le microbiote est le plus actif sur l’ensemble de la biologie de l’organisme.
➥ En résumé, les analyses du microbiote intestinal sont analytiquement fiables pour indiquer ce qui est présent dans les selles. Il serait d’ailleurs plus précis de parler de microbiote fécal ! La corrélation avec la flore qui peuple les intestins et le biofilm intestinal n’est probablement pas linéaire. Ce qui est évalué dans les selles est une production du microbiote intestinal, pas ce microbiote lui-même. Cela n’empêche pas certaines corrélations intéressantes, mais il faut rester prudent sur les extrapolations théoriques sur la physiologie de l’écosystème digestif, développées un peu trop facilement en utilisant des raccourcis de causalité.
III - LES ANALYSES MÉTAGÉNOMIQUES DU MICROBIOTE INTESTINAL SONT-ELLES UTILES ?
1. Critères généraux d’utilité d’une analyse biologique
Une analyse biologique est utile si elle donne une information sur la situation d’un organisme, avec une solution pour prévenir un état pathologique ou le corriger s’il est déjà installé. Plus précisément, cela veut dire que :
– Il y a une valeur de référence pour l’analyse (norme), et que les déviations par rapport à cette référence sont corrélées de manière reproductible à certaines pathologies.
– Il existe une solution thérapeutique capable de corriger la déviance et, par relation de cause à effet, d’améliorer la situation pathologique.
Les connaissances actuelles sur le microbiote intestinal et les solutions thérapeutiques pour le modifier ne répondent à aucun des deux critères d’utilité.
2. Valeurs de référence du microbiote intestinal
On sait aujourd’hui que le microbiote intestinal a une spécificité individuelle forte, au point qu’il pourrait être utilisé comme un test génétique pour reconnaître une identité !
D’autre part, certaines caractéristiques de sa composition sont associées à certains états pathologiques, sans que l’on sache vraiment si ces caractéristiques sont une cause ou une conséquence de la pathologie.
Enfin, les corrélations actuellement établies portent soit sur l’importance de la présence d’une espèce (parmi plusieurs centaines), soit sur des proportions différentes des grandes familles. Et cela reste relativement imprécis.
La seule donnée que l’on retrouve régulièrement et que l’on peut considérer comme fiable est que plus le microbiote est diversifié, plus il est associé à un état de santé favorable.
3. Les solutions thérapeutiques
Des effets bénéfiques ont été constatés dans certaines indications, avec un effet ponctuel qui ne s’associe pas à une modification durable du microbiote. Les bénéfices actuellement connus [2a, 2b] ne sont pas associés à une analyse qui serait modifiée parallèlement à l’amélioration constatée, montrant alors qu’elle a été utile dans ce traitement.
Un autre point important est que l’on ne sait toujours, pas dans de nombreuses situations sur la modification du microbiote liée à une pathologie, si cette modification est une cause, une conséquence ou une coévolution. Selon le cas, l’intérêt d’une solution correctrice n’est pas le même !
La tendance actuelle de la recherche est de cibler les souches qu’il est intéressant d’apporter par des probiotiques dans une situation données dans laquelle elles sont considérées comme manquantes. Nous sommes là dans une tentative de maîtrise d’un microbiote complexe qui s’auto-organise lui même, en pensant le moduler par correction mécanique linéaire à partir d’une analyse dont nous avons vu qu’elle ne donne qu’un reflet indirect de la réalité. Tout cela est avant tout théorique sur une modélisation mécanique qui n’est pas la réalité. Cette démarche conduit à de nombreuses dépenses dont il serait utile d’évaluer l’efficacité, y compris à long terme, l’action des probiotiques cessant généralement à l’arrêt de la cure !
➥ En résumé, les analyses du microbiote intestinal apportent une information sur le microbiote individuel difficile à interpréter, car on ignore ce que serait le microbiote normal de l’individu concerné. D’autre part cette information n’a actuellement aucune utilité thérapeutique car les solutions proposées qui agissent sur la flore digestive ne sont pas déterminées en fonction d’une analyse, mais d’un contexte physiopathologique.
IV - LES ANALYSES DU MICROBIOTE INTESTINAL ONT-ELLES UN INTÉRÊT THÉRAPEUTIQUE ?
Les tests qui évaluent le microbiote intestinal ont un intérêt en recherche fondamentale, pour mieux connaître la diversité de la flore digestive, et mieux comprendre son lien avec la biologie et l’installation des états pathologiques.
Elles n’ont pas d’intérêt en accompagnement thérapeutique, pour les raisons évoquées précédemment, ce qui est confirmé par une revue analysée par un collectif d’expert [3].
1. Quand peut-on agir sur le microbiote intestinal ?
Du point de vue de la santé, la prise en compte du microbiote intestinal entre dans une stratégie globale de prévention qui renforce le terrain biologique pour se protéger des diverses maladies chroniques dites de « civilisation ».
La structure de base de ce microbiote se construit particulièrement en enfance, avec une base qui perdure et se module en fonction du mode de vie et de certaines maladies. Cette modulation peut avoir des conséquences importantes, c’est pourquoi il n’est jamais vain de mettre en œuvre les changements favorables. On peut donc agir à tout moment, de manière préventive, ou motivé par l’arrivée d’une pathologie chronique dont on peut améliorer l’évolution.
2. Comment soutenir le microbiote pour le diversifier ?
Il y a quatre pistes, qui entrent pleinement dans un programme de nutrition santé [4] :
– Éviter les produits néfastes pour les espèces bactériennes bénéfiques.
– Améliorer la qualité des lipides et le statut en vitamine D.
– En nourrissant la flore microbienne (effet prébiotique).
– En apportant des ferments vivants (effet probiotique).
➥ Ces quatre pistes sont détaillées dans l’extrait du livre Nutrition Santé Essentielle en lien ci-dessous.
RÉFÉRENCES
1. Jacques B. Boislève & Patrick Cohen – Biologie Médicale intégrative – Holosys éditions 2020-2023
2a. Hôpital de La Tour : Propriétés bénéfiques des probiotiques
2b. World Gastroenterology Organisation Global Guidelines Probiotics and prebiotics – février 2023
3. Serena Porcari & al : International consensus statement on microbiome testing in clinical practice (review) – The Lancet Gastroenterology & Hepatology. 2025, 10(2) : p 154-167
Extrait de la conclusion : Il y a un intérêt croissant pour l’exploitation potentielle du microbiome intestinal comme outil de diagnostic en médecine, mais les preuves soutenant son utilité clinique sont rares. Un nombre croissant de fournisseurs commerciaux proposent des tests de diagnostic du microbiome directement au consommateur sans aucun consensus sur leur réglementation ni aucune valeur prouvée dans la pratique clinique, ce qui pourrait entraîner un gaspillage considérable d’individus et de santé-ressources de soins et inconvénients potentiels dans la gestion clinique des patients.
4. Jacques B. Boislève : Nutrition Santé Essentielle – Holosys Éditions 2021
Consultant Formateur - Nutrition, psychologie et santé intégratives
Bonjour et merci Jacques, de repréciser ces données.
Merci pour cet article très informatif dont j’ai fait mention au bas de ma fiche de lecture de l’ouvrage de B. Donatini :
https://lebonheurestpossible.org/la-bouche-miroir-de-votre-sante/