Nourrir le microbiote intestinal pour le diversifier

Le microbiote intestinal est un écosystème complexe, qui se développe de manière singulière avec une spécificité identitaire pour chaque organisme, en fonction de plusieurs facteurs. Des bases durables se posent dès la plus petite enfance, et l’ensemble évolue ensuite sous l’influence de divers événements, parmi lesquels les gastro-entérites, les traitements antibiotiques, et le mode de vie, en particulier l’alimentation.
Le microbiote intestinal, avec le vieillissement et dans diverses situations pathologiques, tend vers la diminution de sa diversité microbienne, qui semble être un facteur défavorable pour la santé générale.
L’alimentation est probablement le principal acteur de développement et de maintien de la diversité du microbiote intestinal.
Elle intervient de plusieurs manières :
– En évitant les produits néfastes pour les espèces bactériennes bénéfiques.
– En améliorant la qualité des lipides et le statut en vitamine D.
– En nourrissant la flore microbienne (effet prébiotique).
– En apportant des ferments vivants (effet probiotique).

❍ Les aliments néfastes pour le microbiote, à éviter, peuvent agir :
– Par effet antiseptique direct : eau chlorée, excès d’alcool, pesticides, conservateurs utilisés comme additifs et en particulier les sulfites, antibiotiques résiduels dans les produits animaux.
– En perturbant la croissance d’espèces favorables : l’excès de sel a été corrélé à une diminution de certaines bactéries bénéfiques, associée à une augmentation des lymphocytes Th17, favorisant ainsi les situations inflammatoires [2].
– En stimulant la croissance d’espèces peu favorables : excès de sucres et d’aliments ultra-transformés, édulcorants.

❍ Les apports lipidiques ont une influence désormais reconnue sur la flore digestive. L’effet le mieux établi est la corrélation entre les apports en acides gras polyinsaturés oméga-3 et la diversité du microbiote. Il y a une corrélation spécifique avec le DHA qui n’exclut pas l’intérêt des autres acides gras de la famille oméga-3. Cela confirme cependant l’intérêt nutritionnel des oméga-3 à longues chaînes présents dans les produits animaux, poissons gras principalement.

❍  Le lien entre microbiote intestinal et vitamine D a été montré par une expérience d’exposition aux UV [3], reproduisant les effets du soleil. Bien que cela demande à être confirmé, un effet favorable sur la composition de la flore digestive est tout à fait cohérent avec les multiples bénéfices d’un statut élevé en vitamine D obtenu naturellement [4].

❍ Les aliments prébiotiques contiennent des nutriments qui ne sont pas assimilés lors de leur passage dans l’intestin grêle et cheminent donc jusqu’au côlon, où se trouve la plus grande partie du microbiote. Ce sont majoritairement des fibres végétales, secondairement des polyphénols et des peptides.
– Les fibres sont apportées par tous les produits végétaux non raffinés, crus ou cuits : fruits, légumes, céréales complètes, légumineuses, fruits et graines oléagineux. Les oligosaccharides, classés parmi les FODMAPs, sont particulièrement précieux, ce qui confirme qu’un régime restrictif sans FODMAPs n’est pas une solution durable.
– Des études recherchent le bénéfice particulier de certains aliments. C’est le cas, avec un résultat positif, pour l’avocat. Il y a cependant risque d’égarement sur cette voie, la diversité alimentaire étant la meilleure garantie de la diversité microbienne de la flore.
– Les amidons résistants qui se forment lorsqu’un féculent (céréale, légumineuse ou tubercule) est cuit, puis refroidi plusieurs heures à température d’un réfrigérateur, sont assimilables à des fibres. Leurs propriétés sont intéressantes et ils complètent la panoplie prébiotique de l’alimentation.
– Les polyphénols sont une vaste famille d’antioxydants présents dans divers produits végétaux : fruits et légumes, particulièrement lorsqu’ils sont colorés, le thé vert, l’huile d’olive, le cacao, le vin rouge, le curcuma. Ils sont plus ou moins bien assimilés. Ceux qui sont bien assimilés ont une action générale, alors que ceux qui ne passent pas la barrière intestinale ne sont pas perdus pour autant, puisqu’ils ont un effet bénéfique sur le microbiote, certaines souches se développant mieux en leur présence.
– Des peptides contenus dans les aliments ou résultant de leur digestion partielle pourraient avoir un effet bénéfique sur la diversité de la flore intestinale. C’est ainsi qu’on expliquerait l’effet prébiotique du sarrasin, constaté expérimentalement.

❍ Les aliments probiotiques apportent directement des micro-organismes qui trouvent leur place dans le microbiote et enrichissent sa diversité. Les végétaux consommés crus, modestement, apportent les micro-organismes qu’ils portent.
Certains aliments fermentés sont de ce point de vue beaucoup plus intéressants.
Plusieurs objectifs motivent la fermentation alimentaire : une plus longue conservation, une amélioration des qualités nutritionnelles ou gustatives. Dans certains cas, les ferments utilisés sont intéressants pour le microbiote et se trouvent en quantité notable dans le produit fini. On peut alors parler d’aliments probiotiques.
Le tableau suivant récapitule les principaux aliments fermentés, en soulignant ceux qui peuvent avoir une qualité de probiotique.

⁽¹⁾ Le terme ferment est général. Levain est généralement attribué au pain. Certains mélanges ont le nom du produit formé (kéfir, kombucha). Koji, terme japonais, désigne le jus ou moût d’amorçage d’un processus de fermentation.
⁽²⁾ De nombreuses spécialités traditionnelles, avec des ferments différents : kéfir (Caucase), koumis (Asie centrale), lassi (Inde), leben (Magreb), lait ribot (Bretagne), ou commerciales : K-philus.
⁽³⁾ SCOBY (symbiotic community of bacteria and yeast) : mélange symbiotique de bactéries et de levures. Ce terme employé couramment pour le Kombucha s’applique très bien à d’autres mélanges de ferments (kéfir, levain).